Projet Epidemium : CONIX récompensée dans la lutte contre le cancer

Projet ELSE

Le Projet Epidemium

Samedi 28 mai, se déroulait la finale du projet Epidemium, Challenge4Cancer, organisé par le laboratoire de recherche La Paillasse en partenariat avec les laboratoires Roche, et animé par le collectif Epidemium. Une soirée pleine d’émotions et de surprises pour l’équipe de CONIX qui participait au challenge.

Mais revenons 6 mois en arrière…

Dans le but d’innover et de faciliter les recherches scientifiques sur le cancer, les laboratoires Roche et La Paillasse lancent fin 2015 le projet Epidemium, programme de recherche scientifique participatif et ouvert dédié à la compréhension du cancer grâce aux Big Data. Il qui prend la forme d’un data challenge, Challenge4Cancer. 21 000 jeux de données ouvertes sont mis à disposition par les organisateurs.

25 équipes se lancent dans l’aventure, dont CONIX avec son projet ELSE (Evolutive Life Selection Experience). Il s’agit de créer une expérience interactive et sensibilisante, sous forme d’un « Serious Game » : dans la peau d’un personnage né en 2000, le joueur sera sensibilisé aux facteurs de risques liés aux cancers susceptibles de l’affecter, lui ou ses proches, en fonction des habitudes de vie.

ELSE combine un socle scientifique de traitement de données par des modèles prédictifs avec une application simple, type jeu de plateau. Réalisé en mode Agile avec 6 sprints de 3 semaines, la documentation du projet et la répartition des tâches ont été réalisées sous Trello (outil gratuit et visuel d’organisation de projet).

Ce projet a permis de rassembler au sein d’une même équipe les différentes compétences disponibles chez CONIX (architectes Big Data, développeurs, data scientists, data analystes, animateurs…) et de les mettre en œuvre sur tous les axes des BIG DATA (maîtrise d’ouvrage, maîtrise d’œuvre et développement, infrastructures, méthodologie projet).

La communication au sein de l’équipe projet (une vingtaine de personnes) a été assurée par le Réseau Social d’Entreprise de CONIX (Chatter de Salesforce).

Le cœur prédictif a été développé en Python à l’aide du notebook web Jupyter, toujours dans ce souci de travail d’équipe, en testant plusieurs modèles de régression issus de la librairie ScikitLearn. L’application a été développée avec les technologies web du moment : HTML5, jQuery et Bootstrap. Enfin, des tests sur un socle Hadoop, mis en place au sein de CONIX afin de répondre aux attentes de nos clients, ont permis de démontrer la robustesse de notre projet sur un périmètre plus large que la France (entrainant donc une volumétrie de données beaucoup plus conséquente).

Face à un jury exigeant composé d’un comité éthique et d’un comité scientifique auxquels participaient d’éminents spécialistes (dont notamment Cédric VILLANI, médaille Fields en Mathématiques), le projet ELSE s’est vu délivrer la mention spéciale « Originalité du Modèle » ainsi que le 3ème prix. Le chèque de 2000 € remis à CONIX pour ce prix par les Laboratoires Roche sera versé intégralement à la recherche contre le cancer.

Au delà de la grande satisfaction des prix et mentions décernés par le jury, ce challenge a aussi été l’occasion de confirmer la capacité de CONIX à assurer l’exécution d’un projet Big Data et Data Science sur toutes ses étapes et lui permet de renforcer ses retours d’expérience à partager avec ses clients.

Il reste néanmoins encore beaucoup de travail à réaliser pour consolider le modèle, assurer la portabilité de l’application vers des supports mobiles et surtout valider le scénario avec des collectifs d’association de malades, voire avec l’Education Nationale, pour porter le bon message auprès d’une population jeune, à sensibiliser aux facteurs de risques du cancer.

Revue de presse
Makery Info : Epidémium ouvre les mégadonnées du cancer
Roche.fr : Epidemium Challenge4Cancer : « And the winner is… Science ! »

Auteurs : Delphine BARRAU, Elkhader FATNI, Hervé HUSSON

Mise à jour (le 29/06/2016) : le projet ELSE est en ligne, à l’adresse http://www.conix.fr/epidemium/else.html

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